Giám mục Stêphanô Tri Bửu Thiên sinh ngày 15 tháng 2 năm 1950 tại Trà Long, Tân Long, Sóc Trăng (nay thuộc xã Tân Long, huyện Thạnh Trị, tỉnh Sóc Trăng).[2] Tại gia đình, trước khi đi theo con đường tu trì, ông thường cấy lúa phụ giúp gia đình. Nói về bản thân, ông cho biết Tôi là Hai lúa, một nông dân của Miền Tây Nam bộ[5] cũng như thừa nhận mình là giám mục nhà quê.[6] Nói về món ăn yêu thích từ thuở ấu thơ, ông cho biết là món Súp xá bấu, vốn là một món ăn chỉ gồm món củ cải được muối mặn theo cách thức của người Hoa và nấu với sườn heo.[5]

Gia đình cậu bé Tri Bửu Thiên cư ngụ phía sau nhà dòng Chúa Cứu Thế.[7] Thuở thiếu thời, cậu Thiên đảm nhận công việc giúp lễ ở Đền Đức Mẹ Hằng Cứu Giúp. Người dẫn dắt cậu đến với con đường tu trì là thầy Fidel, theo cách gọi của cậu. Hằng năm, Tri Bửu Thiên đều về nơi đây để cảm tạ Mẹ Maria và tri ân người thầy Fidel của mình.[8] Thầy Fidel của cậu bé Thiên vốn là người hỗ trợ trong phòng thánh của đền Đức Mẹ Hằng Cứu Giúp.[7]

Chủng sinh Thiên hoàn thành chương trình Tiểu chủng viện tại Tiểu chủng viện Cần Thơ, sau đó tiếp tục việc học các môn triết và thần học tại Giáo hoàng Học viện Thánh Piô X Đà Lạt trong khoảng từ năm 1971 đến năm 1977.[9] Phó tế Stêphanô Tri Bửu Thiên được thụ phong linh mục vào ngày 22 tháng 7 năm 1987, thuộc linh mục đoàn Giáo phận Cần Thơ.[2] Sau khi được truyền chức linh mục, tân linh mục Thiên được bổ nhiệm đảm nhiệm vai trò linh mục quản họ Xuân Hòa. Sau khoảng thời gian đầu thời kỳ linh mục tại Xuân Hòa, năm 1991, ông được thuyên chuyển làm Giáo sư Đại chủng viện Thánh Quý. Ba năm sau đó, linh mục Tri Bửu Thiên được chọn cử đi du học tại Giáo hoàng Ðại học Urbaniana ở Roma và tốt nghiệp Tiến sĩ Thần học Luân Lý. Ông hoàn thành việc du học vào năm 1998 và trở về Việt Nam đảm nhận vai trò giáo sư thần học tại Đại chủng viện Thánh Quý Cần Thơ.[10]